A raíz de la problemática que ya venía afectando a la funcionalidad de la institución en un 35% y perjudicando la educación de los alumnos inclusivos, los directivos del Ministerio de Educación decidieron sacar de la Institución a la encargada de despacho Profesora Zulma Cáceres de Kurata, designando a la Lic. Nilsa Franco como encargada de la institución hasta que se llame a concurso para el nombramiento de la Directora de la Escuela Especial Número 11 de Pedro Juan Caballero.
La decisión del MEC fue comunicado a los responsables de la Dirección Departamental de Educación de esta ciudad, también fue trasladada a otra institución la Lic. Lucia Benítez por supuestamente agredir a la ex encargada de despacho, ambas docentes no fueron perjudicadas en sus salarios ni en los beneficios.
Padres y docentes de la Institución quedaron contentos con la determinación adoptada por el Ministerio ya que se vivía un ambiente de incertidumbre en la institución a raíz de los problemas que han provocado un problema particular de la ex encargada de la dirección Profesora Zulma Cáceres, la misma ya no era aceptada por una parte de los padres así como docentes.
Denuncia de supuesto abuso sexual en la gestión del la docente Cáceres de Kurata
En el año 2018, un grupo de madres de los alumnos con discapacidades físicas de la Escuela Especial Nº 11, presentó una denuncia ante el Ministerio Público contra un fisioterapeuta de la institución educacional por acoso sexual. El denunciado fue identificado como Francisco Iván Riveros, quien era un voluntario, en la institución y había sido imputado por el fiscal que investigaba la causa, Abog. Gabriel Segovia.
En ese tiempo según se pudo saber la propia encargada de despacho había autorizado que el denunciado por supuesto acoso, resida en la institución sin previa consulta a los responsables del Ministerio de Educación.
