La falta de presupuesto es el mayor déficit en el Ministerio Público, en Pedro Juan Caballero existen vacancias en 2 Unidades Fiscales Ordinarios y 2 Unidades Especializadas,  además hay falta de asistentes en algunas unidades,  secretarios y auxiliares que está siendo cubierto por practicantes que también esperan contrato. En cuanto a personal de limpieza tampoco se cuenta por los que con colaboración de los funcionarios se realiza.

En relación al pedido de fiscales es de forma automática, y depende del Concejo de la Magistratura y el proceso y estudio tiene un tiempo de aproximadamente uno a dos años, por lo que seguiran  existiendo esas  vacancias de dos en las ordinarias y las otras dos en las unidades especializadas que están siendo ocupadas de forma interina. 

En cuanto a los asistentes y practicantes,  la fiscalia de Pedro Juan Caballero esta cubriendo lo básico por lo que el recargo de los  trabajos es bastante y hace que con la cantidad de asistentes no dan cuenta con las innumerables carpetas que existen. 

Esta situación que es de  público conocimiento se maneja de forma presupuestaria y  hace 7 años que la institución sufre de  recortes en la fiscalia. 
Hasta el momento no hubo nuevo nombramiento, hay una  media sanción de ampliación presupuestaria y en Pedro Juan Caballero se necesita con urgencia personal de limpieza, así como  también 10 contratos para ascensos y practicantes.